BIOINFORMATIQUE: Transcriptomique spatiale : Méthodes et applications en R

Dates

• Du Mardi 6/10/2026 au Jeudi 8/10/2026

Speakers

Aurélien Barré, Benjamin Dartigues

Lien formation

Objectifs

• Analyser et manipuler des jeux de données de transcriptomique spatialement résolue (données de séquençage et d'imagerie)
• Appliquer les concepts méthodologiques propres aux données spatiales (statistiques spatiales, analyse d'enrichissement de niches)
• Intégrer les approches spatiales avec les analyses single-cell RNA-seq pour l'annotation et l'identification cellulaire

Programme

Cette formation introduira les outils essentiels de l'analyse transcriptomique spatiale en R, avec un focus sur la librairie Seurat qui permet la manipulation, l'analyse et la visualisation de données spatiales. Plusieurs autres « packages » R spécialisés dans l'analyse de données spatiales seront également présentés.

• Introduction aux concepts du séquençage d'ARN à résolution spatiale (sequencing-based and image-based)
• Importation des données Spatial dans R
• Contrôle qualité et pré-traitement des données
• Visualisation spatiale de l'expression génique
• Normalisation de données
• Identification de marqueurs
• Clustering et assignation cellulaire
• Déconvolution des données pour identification cellulaire

Prérequis

• Maîtrise du langage R
• Avoir suivi le stage "Langage R : introduction" ou niveau équivalent

Public

• Chercheurs, ingénieurs et techniciens en biologie et bio-informatique
• Professionnels souhaitant analyser des données de transcriptomique spatiale ou reproduire des méthodologies issues de publications scientifiques