edit

BIOINFORMATIQUE : ANALYSES NGS AVEC R

Dates

  • Du jeudi 17/11/2022 au vendredi 18/11/2022
  • Du jeudi 25/05/2023 au vendredi 26/05/2023
  • Du jeu 16/11/2023 au mercredi 17/11/2023

Intervenants

Aurélien Barré, Benjamin Dartigues


Lien de la formation: Analyses NGS avec R


Objectifs

  • Savoir analyser des séquences venant de reads NGS
  • Savoir déterminer les ARN messagers différentiellement exprimés à l'aide de données RNA-seq
  • Être capable d'enrichir les résultats en utilisant des bases de connaissance

Programme

Cette formation introduira les paquetages Bioconductor permettant l'analyse de données issues du séquençage nouvelle génération.

  • Rappels des concepts du séquençage NGS
  • Les outils d'annotation et de conversion d'identifiant (bioMart)
  • L'analyse des reads et du résultat d'alignement
  • l'analyse d'expression différentielle en RNA-seq
  • Les techniques d'enrichissement
  • L'exploitation de données mégatonniques
  • Les outils de visualisation pour les NGS (GGbio, Circos ?)

La fin du stage (2 h) sera consacrée à un atelier pédagogique d'analyse et de réflexion sur les données apportées par les stagiaires.

Alternance de courtes présentations (50 % du temps) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels (50 % du temps).


Prérequis

Maîtrise du langage R. Avoir suivi le stage « Langage R : introduction » (Réf. 18338, ce catalogue) ou niveau équivalent.
Afin de mieux aider à évaluer votre niveau, nous vous invitons à effectuer le test téléchargeable ICI.


Public

  • Ingénieurs, techniciens biologistes et bioinformaticiens de formation
  • Toute personne souhaitant " exploiter " ses données NGS ou évaluer et reproduire les analyses présentées dans les publications scientifiques