BIOINFORMATIQUE : ANALYSES NGS AVEC R

Dates

• Du jeudi 16/05/2024 au mercredi 17/05/2024
• Du jeudi 26/09/2024 au mercredi 27/09/2024

Intervenants

Aurélien Barré, Benjamin Dartigues

Lien de la formation

Objectifs

• Savoir analyser des séquences venant de reads NGS
• Savoir déterminer les ARN messagers différentiellement exprimés à l'aide de données RNA-seq
• Être capable d'enrichir les résultats en utilisant des bases de connaissance
  

Programme

Cette formation introduira les paquetages Bioconductor permettant l'analyse de données issues du séquençage nouvelle génération.

• Rappels des concepts du séquençage NGS
• Les outils d'annotation et de conversion d'identifiant (bioMart)
• L'analyse des reads et du résultat d'alignement
• l'analyse d'expression différentielle en RNA-seq
• Les techniques d'enrichissement
• L'exploitation de données mégatonniques
• Les outils de visualisation pour les NGS (GGbio, Circos ?)

La fin du stage (2 h) sera consacrée à un atelier pédagogique d'analyse et de réflexion sur les données apportées par les stagiaires.

Alternance de courtes présentations (50 % du temps) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels (50 % du temps).

Prérequis

Maîtrise du langage R. Avoir suivi le stage « Langage R : introduction » (Réf. 18338, ce catalogue) ou niveau équivalent.
Afin de mieux aider à évaluer votre niveau, nous vous invitons à effectuer le test téléchargeable ICI.

Public

• Ingénieurs, techniciens biologistes et bioinformaticiens de formation
• Toute personne souhaitant " exploiter " ses données NGS ou évaluer et reproduire les analyses présentées dans les publications scientifiques