BIOINFORMATIQUE: ANALYSES SINGLE CELL RNA SEQ (ScRNA-Seq) AVEC R

Dates

• - Du Mardi 21/05/2024 au Mercredi 22/05/2024
• - Du Mardi 12/11/2024 au Mercredi 13/11/2024

Speakers

Aurélien Barré, Benjamin Dartigues

Lien formation

Objectifs

Savoir expertiser et manipuler des données issues d'expériences Single Cell RNA Seq

Savoir mener une analyse différentielle à de multiples niveaux

Savoir intégrer des données complémentaires pour l'analyse Single Cell RNA Seq (spatial, trajectoire, cell communication, cell identification...)

Programme

Cette formation introduira notamment la librairie Seurat permettant la manipulation et l'analyse de données single cell RNAseq ainsi que la visualisation des résultats d'analyse

- Rappels des concepts du séquençage Single Cell RNA Seq
- Importation des données Single Cell dans R
- Intégration de données Single Cell multiples
- Quality Check et pré-traitement des données
- Normalisation de données
- Identification de marqueurs
- Clustering et assignation cellulaire
- Analyse différentielle des groupes cellulaires
- Savoir intégrer les données de spatialisation
- Savoir intégrer les données de trajectoire
- Savoir intégrer les données de communication cellulaire
- Savoir intégrer les données d'épigénétique (ATAC-seq)

Prérequis

Maîtrise du langage R.
Avoir suivi le stage "Langage R : introduction" ou niveau équivalent.
Afin de vérifier que votre maîtrise du langage R est suffisante pour pouvoir suivre ce stage, nous vous invitons à effectuer et à renvoyer le test téléchargeable ICI

Public

- Chercheurs, ingénieurs, techniciens biologistes et bioinformaticiens de formation.
- Toute personne souhaitant "exploiter" des données NGS ou évaluer et reproduire les analyses présentées dans les publications scientifiques