2. Analyses bioinformatiques avec Python

Dates

Du 17/11/2020 au 20/11/2020 - Du 08/06/2021 au 11/06/2021 - Du 16/11/2021 au 19/11/2021


Intervenants

B. Dartigues (ingénieur) et E. Bouilhol (chercheur)



Objectifs

-Savoir mener des analyses standards en bioinformatique avec Python et Biopython
-Accéder à l'information disponible dans les ressources en ligne à partir d'un script Python
-Être capable d'enrichir les résultats en utilisant des bases de données
-Apprendre à se servir des librairies Python pour présenter graphiquement ses résultats


Programme

Cette formation introduira notamment les librairies Biopython, Numpy, Pandas et Matplotlib permettant la manipulation et l'analyse de données biologiques ainsi que la visualisation des résultats d'analyse.

- Rappels des concepts du langage Python
- Agrégation d'informations sur des gènes d'intérêts (recherche dans les bases de données, alignements multiples, annotation, phylogénie, etc.)
- Analyse des données de séquençage ADN (NGS) (prétraitement, annotation, analyse de résultats d'alignement et/ou SNP calling)
- L'analyse d'expression différentielle à partir de données RNA-seq ou protéomique
- Les méthodes d'enrichissement de résultats
- Les outils de visualisation de résultats et de génération de figures

Alternance de courtes présentations (50 % du temps) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels ou simulés (50 % du temps)
 
Il est conseillé de venir avec son propre ordinateur portable.

Prérequis

Avoir des notions en programmation et savoir utiliser un environnement Linux en mode ligne de commande. Il est souhaitable d'avoir déjà utilisé le langage Python


Public

Scientifiques et biologistes (ingénieurs et chercheurs) qui souhaiteraient se former aux procédures standards utilisées en bioinformatique avec Python