Recrutement

Bioinformatics research scientist - Single Cell RNAseq of innate immune cells

Starting date: January 2020

Contract: CDD, 18 months, renewable
Location: Bordeaux, France
Laboratory: Bordeaux Bioinformatics Center (CBiB) 
Address: CBiB 146 Rue Léo Saignat 33076 Bordeaux Cedex

Description :

Un poste de post-doctorat (18 mois, extensible) est disponible pour travailler conjointement au sein de l'ImmunoConcept (UMR 5164) et du Centre de bioinformatique de Bordeaux à Bordeaux (France), sous la supervision du Dr. Maya Saleh et du Dr. Macha Nikolski. Le projet de recherche consiste à développer des méthodes et à analyser des échantillons humains par séquençage d'ARN single cell pour la cartographie des cellules immunitaires innées associées à la réponse aux immunothérapies et au microbiome fonctionnel lié au contrôle des cancers.

L'IMMUNOLOGIE du CONCEPT et de l'EXPERIENCE à la traduction (ImmunoConcept) CNRS UMR 5164 - Université de Bordeaux, https://www.immuconcept.org/team_member/maya-saleh/ a pour objectif de disséquer le rôle du système immunitaire inné et des interactions hôte-microbiome en onco-immunologie, y compris la réponse des patients aux immunothérapies (efficacité et toxicité se manifestant par des réponses inflammatoires et / ou auto-immunes). ImmunoConcEpT regroupe toutes les forces bordelaises en immunologie et compte 50 membres, dont 6 chercheurs du CNRS ou de l'INSERM, 4 professeurs d'université, 10 professeurs d'université-praticiens hospitaliers, 4 ingénieurs et 3 assistants administratifs. Les deux principaux axes de recherche de mon équipe seront la cartographie des cellules immunitaires innées associées à la réponse aux immunothérapies et le microbiome fonctionnel lié au contrôle des cancers. En parallèle, nous étudions le métabolome, d'où la nécessité de la bioinformatique qui permet l'analyse et l'intégration de données multi-omiques.

Le centre de bioinformatique de Bordeaux (CBiB, https://www.cbib.u-bordeaux.fr/) est une équipe de recherche en bioinformatique de l'IBGC (UMR 5095) et une installation centrale donnant accès à des ressources informatiques performantes, développe méthodes de bioinformatique et effectue l’analyse de données. Nous apportons aux chercheurs les meilleurs outils pour gérer et comprendre les données biologiques. Nous nous concentrons principalement sur le développement de la bioinformatique pour analyser des ensembles de données acquis à l'aide de technologies omics à haut débit et proposons des technologies de pointe pour travailler avec des données scientifiques cliniques, translationnelles et fondamentales - de l'acquisition à la analyse, en passant par le stockage. De quelques échantillons à plusieurs dizaines de milliers, le centre d'innovation fournit des analyses complètes de l'ADN, de l'ARN, de la métabolomique et de la protéomique.

Le candidat travaillera au laboratoire ImmunoConcEpT pour concevoir, développer et mettre en place des pipelines à une seule cellule RNAseq pour le projet. Ces pipelines seront conçus conjointement par le candidat et l'équipe CBiB. Ses modules seront intégrés aux pipelines CBIB existants et mis à la disposition de l'équipe ImmunoConcEpT. Pour ce faire, le candidat participera à leur portabilité sur des serveurs informatiques académiques. Le candidat sera responsable de la conception du plan expérimental des études d'analyse unicellulaire en travaillant régulièrement avec des biologistes de l'équipe ImmunoConcEpT. Il / elle produira les analyses bioinformatiques réalisées conjointement avec l'équipe CBiB. Le candidat travaillera en tant que membre de l'équipe sous la direction du chef de l'équipe de biologie (Dr. Maya Saleh, ImmunoConcEpT) et de la bioinformatique (Dr. Macha Nikolski, CBiB). Il / elle travaillera à l’adaptation des modules d’analyse existants et aux intégrateurs de données pour lier les modules d’analyse aux outils de gestion de circuits d’échantillons biologiques et aux référentiels de données cliniques et omiques.

Le candidat développera une méthodologie pour intégrer les ensembles de données scRNA-seq, métabolomique et microbiome afin de déchiffrer les voies moléculaires et métaboliques, utilisés pour stratifier les patients cancéreux et prédire leur réponse aux immunothérapies. En effet, l'intégration de jeux de données scRNA-seq avec d'autres données omiques est difficile en raison de multiples aspects tels que, par exemple, les décrocheurs. Ces développements bioinformatiques seront appliqués aux données nouvellement acquises, générées par l’équipe de Maya Saleh (ImmunoConcEpT) pour les cohortes de patients atteints de cancer ou de maladies inflammatoires. La transcriptomique, la métabolomique et le séquençage de microbiomes unicellulaires aideront à élucider les mécanismes immunitaires innés en jeu.

Compétences attendues :

  • Doctorat en bioinformatique, ingénieur de haut niveau ou équivalent
  • Dévoué, proactif et avec une intégration personnelle dans l'équipe
  • Bonnes compétences en communication permettant des interactions productives avec des biologistes, des cliniciens et des bioinformaticiens (par exemple, discussion sur les choix de modèles / analyses)
  • Les compétences de programmation (R, Python) sous Unix sont essentielles.
  • Méthodologies d'analyse de données telles que ACP, Clustering, t-SNE,…
  • Une expérience préalable de l'analyse des données NGS est essentielle. Une expérience de l'analyse des données sc-RNAseq serait un atout.
  • Capacité à communiquer en anglais parlé et écrit
  • Autonome et rigoureux avec un esprit critique

Il existe plusieurs caractéristiques uniques de cette offre d'emploi:

  • 1. Travailler avec des équipes enthousiastes et des laboratoires déjà installés.
  • 2. Le CNRS et l'Université de Bordeaux offrent un accès à des infrastructures de pointe et à un salaire concurrentiel.
  • 3. Approches scientifiques de base pour traiter des problèmes pertinents sur le plan clinique en collaboration avec des cliniciens.
  • 4. Deux équipes amicales internationales.

Contacts:

Les contacts pour les lettres de motivation, les CV et les références peuvent être envoyés à Maya Saleh et Macha Nikolski, msaleh@immuconcept.org et macha.nikolski@u-bordeaux.fr.

 

Postdoc : Investigating White Matter Tract invasion by single-cell sequencing data analysis

Starting date: Jan 2020
Location: Bordeaux, France
Laboratory: Bordeaux Bioinformatics Center (CBiB) 
Address: CBiB 146 Rue Léo Saignat 33076 Bordeaux Cedex

Description du poste:

A post-doctoral position (12 months, extendable) is available in the Bioinformatics team at the IBGC, UMR 5095 CNRS to work with Dr. Macha Nikolski and Dr. Thomas Daubon. The research project consists in developing methods and analyzing human and culture samples by single cell RNA sequencing for understanding invasion processes in glioblastoma.


Glioblastoma (GBM) is the most deadly type of human cancer. Most patients diagnosed with this grade IV malignant glioma survive for about 15 months. Even with optimal treatment, the estimated recurrence rate is more than 90%. Recurrence is mostly caused by the regrowth of highly invasive cells that spread from the tumor bulk and are therefore not removed by resection. A large number of GBM cells are invading around the tumor core. Invasion on blood vessels is a well-described phenomenon, but a majority of cells invade along white matter tracts. This latter mode, also known as perineuronal satellitosis, is not well described in the literature (observed by Scherrer in 1950). Furthermore, the molecular relationship between glioma and white matter tracts remains largely unknown. Recent publications described neurogliomal synapses in glioblastoma (Venkataramani et al, Nature), in pediatric glioma (Venkatesh et al, Nature), or in cerebral metastasis (Zeng et al, Nature), which interconnects the neuronal network to the cancer network. Glutamate influx via NMDAR induces calcium flux into the glioma network, and by consequence, tumor cells are invading the surrounding tissues. Single-cell transcriptomics was performed in the publications related to glioma, and massive amount of data was generated in Venkataramani et al.


By using these data, the candidate will develop a methodology for integrating these already acquired datasets for deciphering molecular and metabolic pathways, used for increasing invasion. Indeed, due to differences in experimental platforms and biological sample batches, the integration of multiple scRNA-seq datasets remains challenging.


These bioinformatics analyses will be extended by integrating newly acquired data, generated by the team of Thomas Daubon (IBGC, UMR 5095 CNRS) for several glioblastoma models in co-culture with neurons or white matter tracts in acute brain slices. Bulk and single-cell transcriptomics will help to elucidate the invasive mechanisms in play.

Compétences souhaitées :

  • PhD degree in bioinformatics, high level engineer or equivalent
  • Dedicated, pro-active and with a personal fit into the team
  • Good communication skills that allow productive interactions with biologists and clinicians (e.g. discussing models / analyses choices)
  • Programming skills (R, Python) in Unix environment are essential
  • Prior experience in NGS data analysis is essential, experience in sc-RNAseq data analysis would be a plus
  • Ability to communicate in both spoken and written English
  • Autonomous and rigorous with a critical mind

CONTACTS:

Macha Nikolski - macha.nikolski@u-bordeaux.fr 

Thomas Daubon - thomas.daubon@u-bordeaux.fr