Projets

Derniers Projets réalisés au CBiB : 

Mitogénomique Ancienne : 

Analyse de données NGS MiSeq sur des prélèvements des 7ème et 8ème siècle (Nîmes)

  • SNP Génome Mitochondrial
  • SNP Chromosome Y

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371%2Fjournal.pone.0148583 

 

Métagénomique de microflores issues de composts pour la production de Bioéthanol : 

Analyses de données NGS (ADN et ARN métagénomique), (Nettoyage des séquences, Assemblages, Analyses en composition d’espèces, Prédiction de gènes, Binning, Base de données)
https://services.cbib.u-bordeaux2.fr/biomines/

 

COSMOS

Le projet EU COSMOS ( http://cosmos-fp7.eu/) vise à standardiser les données relatives à la métabolomique. Nous nous basons sur les efforts précédents de standardisation de données, notamment le XEML-lab framework (https://github.com/cbib/XEML-Lab). 

 

Analyse de variations dans les données PacBio

Nous avons développé MICADo, une méthode basée sur les graphes de de Bruijn, qui permet de distinguer les mutations spécifiques aux patients des autres altérations (erreurs spécifiques à la cohorte ou encore erreurs de séquencage) dans des données de séquençage ciblé de cohortes (https://github.com/cbib/MICADo).

 

Fraisiers

Caractérisation des éléments génétiques de la remontée florale chez le fraisier

  • Recherche du nombre de mutations chez deux mutants EMS
  • Assemblage de séquences de novo chez le fraisier polyploïde pour compléter un gap laissé entre deux BACs homéologues

 

SuperClass

Le projet SuperClass vise à développer de nouvelles méthodes de quantification, d’acquisition et de classification pour la “HCS super-resolution microscopy”. Nous mettons en oeuvre une solution intégrée pour la classification des comportements des récepteurs en fonction de leur dynamique.en fonction de leur dynamique.

 

COBRA

C’est un projet européen (PlantKBBE) visant à l'identification des facteurs génétiques de susceptibilité à l'infection virale afin d'offrir de nouvelles possibilités pour protéger les plantes cultivées. Nous mettons en place une base de connaissances sur les interactions plantes-virus ainsi qu’une méthode de prédiction de gènes de susceptibilité.
https://services.cbib.u-bordeaux2.fr/cobra/

 

Métagénomique des maladies inflammatoires

Analyse de données de séquençage 16S à partir de échantillons des patients atteints de maladies inflammatoires (Spondylarthrite ankylosante, mycoviscidose, etc).