Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB)

L’équipe du Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) intervient à la frontière entre les sciences du vivant et l'informatique - statistique. Sa spécialité est la collecte, l'intégration, le croisement et l'analyse des données "omics". L'exigence d’analyser les données de grande volumétrie de façon rapide et fiable, amène le CBiB à développer les méthodes de type « Big Data ». Pour ce faire, le CBiB réunit les compétences nécessaires en bioinformatique et en informatique ; le centre est équipé de moyens de calcul et stockage adaptés, en cohérence avec les équipements régionaux (le Mésocentre de Calcul Aquitain - MCIA), l’infrastructure nationale de Bioinformatique (Investissement d’Avenir, Institut Français de Bioinformatique - IFB) et l'Infrastructure Européenne ELIXIR.

En termes d’offre de services, le CBiB propose une large palette de prestations :

  • analyse et intégration de données "omics",
  • développement d’analyses spécifiques,
  • son système de gestion d’information,
  • développement de pipelines et méthodes bioinformatiques.

Son expertise est particulièrement reconnue en algorithmique, intégration de données biologiques à haut débit, leur analyse et visualisation. Que ce soit dans des grands projets ou encore pour des expertises particulières l'équipe possède l'expertise, les équipements et la capacité d'étudier la complexité des systèmes biologiques.

---


Le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB)  fournit un accès à des ressources de calcul de haute performance, assure l'analyse des données et dispose d'une expertise en programmation. Ces ressources sont au service des scientifiques académiques et des laboratoires privés pour leur permettre de répondre à leurs besoins en bioinformatique de manière efficace et rentable.
Nous proposons des services de pointe pour le traitement de données biologiques et médicales - de leurs acquisition au stockage, analyse et diffusion. Nous disposons de ressources sécurisés et conformes aux standards internationaux. De quelques échantillons à plusieurs dizaines de milliers, le Centre de Bioinformatique de Bordeaux offre des services complets d'analyses de l'ADN, de l'ARN, de protéomique et métabolomique.

Les services proposés par le CBiB sont les suivants :

  • Analyses standards et à facon de données biologiques.
  • Mise en place d'approches "Big Data".
  • Développement et maintenance de bases de données biologiques.
  • Développement de l'infrastructure et de logiciels bioinformatiques, en particulier pour les données de NGS.
  • Analyse et conseils personnalisés pour des projets de bioinformatiques.
  • Mise en place de projets collaboratifs avec des équipes de recherches. 
  • Ateliers et formations sur différentes thématiques de bioinformatique.

Le CBiB est membre de Institut Français de Bioinformatique, IFB(programme national des «Investissements d'Avenir»), est membre du Réseau National des Plateformes Bioinformatiques, ReNaBi. (ReNaBi-SO), est partenaire du MCIA (Mésocentre de Calcul Intensif Aquitain), a été identifié comme Plate-forme de Bioinformatique lors de l’enquête IBiSA 2008, est évalué par la CNOC en 2013, a été labellisée Plate-forme régionale pour l'INRA.
Depuis 2012 le CBiB est certifié ISO 9001:2008 par Lloyd's Register Quality Assurance.

L'équipe

Macha Nikolski

Macha Nikolski

Chargée de Recherche, CNRS - Directrice du CBiB
macha@labri.fr - tel : +33 (0)5 57 57 12 47

Alexis Groppi

Alexis Groppi

Ingénieur de Recherche, Université de Bordeaux- Directeur adjoint - Responsable Qualité
alexis.groppi@u-bordeaux.fr - tel : +33 (0)5 57 57 12 18

Aurélien Barré

Aurélien Barré

Ingénieur d'Etude - Université de Bordeaux
aurelien.barre@u-bordeaux.fr - tel : +33 (0)5 57 57 48 61

Elodie Darbo

Elodie Darbo

Ingénieur de Recherche, Université de Bordeaux
elodie.darbo@u-bordeaux.fr - tel : +33 (0)5 57 57 92 42

Raluca Uricaru

Raluca Uricaru

Maître de Conférences, Université de Bordeaux
ruricaru@labri.fr - tel : +33 (0)5 57 57 92 42

David Benaben

David Benaben

Administrateur systèmes et réseaux, INRA - Responsable technique
david.benaben@u-bordeaux.fr - tel : +33 (0)5 57 57 92 41

Guillaume Blin

Guillaume Blin

Professeur des Universités - Université de Bordeaux
guillaume.blin@labri.fr - tel : +33 (0)5 40 00 35 06

Mathieu Raffinot

Mathieu Raffinot

Chargé de Recherche CNRS - UMR 5800
mathieu.raffinot@labri.fr - tel : +33 (0)5 57 57 92 42

Benjamin Dartigues

Benjamin Dartigues

Ingénieur d'Etude CDD - Université de Bordeaux
benjamin.dartigues@u-bordeaux.fr - tel : +33 (0)5 57 57 92 42

Emmanuel Bouilhol

Emmanuel Bouilhol

Ingénieur d'Etude CDD - Université de Bordeaux
emmanuel.bouilhol@u-bordeaux.fr- tel : +33 (0)5 57 57 45 71

Florian Gilbert

Florian Gilbert

Ingénieur d'Etude CDD - Université de Bordeaux
florian.gilbert@u-bordeaux.fr- tel : +33 (0)5 57 57 92 42

Justine Rudewicz

Justine Rudewicz

Doctorante, Université de Bordeaux
j.rudewicz@bordeaux.unicancer.fr- tel : +33 (0)5 57 57 45 71

Marie Gasparoux

Marie Gasparoux

Doctorante, Université de Bordeaux
marie.gasparoux@u-bordeaux.fr- tel : +33 (0)5 57 57 92 42

Tristan Braquelaire

Tristan Braquelaire

Doctorant, Université de Bordeaux
tristan.braquelaire@u-bordeaux.fr- tel : +33 (0)5 57 57 45 71

 

 

Membres associés (rattachés à d’autres structures mais impliqués dans les activités du CBiB à travers des collaborations et/ou la participation aux activités d’animation scientifique et technologique du centre)

Antoine de Daruvar

Antoine de Daruvar

Professeur des Université, Université de Bordeaux
antoine.daruvar@u-bordeaux.fr- tel : +33 (0)5 57 57 10 10

Katarzyna Hooks

Katarzyna Hooks

University of Manchester
katarzyna.hooks@postgrad.manchester.ac.uk- tel : +33 (0)5 57 57 45 71

Hayssam Soueidan

Hayssam Soueidan

Ingénieur R&D Jobijoba - Pessac
massyah@gmail.com- tel : +33 (0)5 57 57 92 42

 

 

Matériel

Servers and Storage

Infrastructure de virtualisation

  • Cluster VMware
  • 2 serveurs DELL PowerEdge R905 (16 coeurs, 64 Go RAM)

Infrastructure de stockage

  • 1 baie de production basé sur ZFS ~50To répliquée sur un site distant
  • 1 baie de production NetApp ~15To
  • 1 baie de sauvegarde NetApp ~20To sur site distant

Infrastructure de calcul

  • 1 serveur de calcul DELL PowerEdge R815 (32 coeurs, 256 Go RAM, 2.5 To d'espace disque)
  • 1 serveur de calcul DELL PowerEdge R815 (32 coeurs, 256 Go RAM, 2.5 To d'espace disque)
  • Portail Galaxy, 1 serveur DELL PowerEdge R910 (32 coeurs/64 threads, 128Go RAM, 800 Go d'espace disque)

Infrastructure réseau

  • Accès Internet ~1 Gbits/s (partagé) fournit par l’Université de Bordeaux
  • LAN 10 Gbits/s
  • SAN FiberChannel 4 Gbits/s

Accès à des ressources de calcul externe

Infrastructure d'hébergement

  • Salle 28m²
  • Confinement allée chaude
  • Groupe Froid + "Free Cooling" (~ 50% du temps)
  • Echangeurs thermiques air/eau (réseau d’eau à ~15°C)
  • Onduleur à tolérance de panne d’une capacité de 24kW N+1 (capacité maximale de 48 kW N+1)
  • Supervision de la salle (température, hygrométrie, fuite eau, consommation par prise, onduleur, groupe Froid, LCP)
Hosting infrastructure