4. Bioinformatique : Analyses NGS avec R

Dates

Du mardi 02/02/2020 au mercredi 03/02/2020 - Du jeudi 20/05/2021 au vendredi 21/05/2021 - Du jeudi 04/11/2021 au vendredi 05/11/2021


Intervenants

Aurélien Barré, Benjamin Dartigues


Lien de la formation


Objectifs

- Savoir analyser des séquences venant de reads NGS
- Savoir déterminer les ARN messagers différentiellement exprimés à l'aide de données RNA-seq
- Etre capable d'enrichir les résultats en utilisant des bases de connaissance


Programme

 Cette formation introduira les paquetages Bioconductor permettant l'analyse de données issues du séquençage nouvelle génération.

- Rappels des concepts du séquençage NGS
- Les outils d'annotation et de conversion d'identifiant (bioMart)
- L'analyse des reads et du résultat d'alignement
- l'analyse d'expression différentielle en RNA-seq
- Les techniques d'enrichissement
- L'exploitation de données mégatonniques
- Les outils de visualisation pour les NGS (GGbio, Circos ?)

La fin du stage (2 h) sera consacrée à un atelier pédagogique d'analyse et de réflexion sur les données apportées par les stagiaires

Alternance de courtes présentations (50 % du temps) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels (50 % du temps).


Prérequis

Maîtrise du langage R. Avoir suivi le stage « Langage R : introduction » (Réf. 18338, ce catalogue) ou niveau équivalent.
Afin de mieux aider à évaluer votre niveau, nous vous invitons à effectuer le test téléchargeable ICI.

 


Public

- Ingénieurs, techniciens biologistes et bioinformaticiens de formation
- Toute personne souhaitant " exploiter " ses données NGS ou évaluer et reproduire les analyses présentées dans les publications scientifiques