1. Bioinformatique : Analyse avancée de séquences

Dates

Du mardi 13/10/2020 au jeudi 15/10/2020 - Du mardi 04/05/2021 au jeudi 06/05/2021 - Du mardi 19/10/2021 au jeudi 21/10/2021


Intervenants

Aurélien Barré, Benjamin Dartigues



Objectifs

  • Savoir rechercher des informations dans les banques de données.
  • Maitriser les outils d'analyse de séquences tels que les alignements et savoir interpréter les résultats.
  • Maitriser les stratégies d'annotation de génomes bactériens.
  • Maitriser les formats et les analyses des nouvelles données issues du séquençage (NGS).

Programme

1er jour

  • Organisation des banques de données publiques
  • Recherche d'information dans des banques de données
  • Premier pas avec Galaxy
  • Comparaison et alignement multiple de séquences
  • Familles de protéines et domaines fonctionnels

2ème jour

  • Etat de l'art du séquençage haut débit
  • Formats et manipulation des données NGS

3ème jour

  • Analyse avancée à partir de données NGS
  • Après-midi : les stagiaires sont invités à apporter leurs données qui seront utilisées à des fins pédagogiques pour les exercices

Alternance de cours (10 h) et de travaux dirigés (10 h)

Une partie des analyses sera effectuée dans l'environnement Galaxy.

Les stagiaires sont invités à apporter leurs données qui seront utilisées, à des fins pédagogiques, pour les exercices de la dernière demi-journée.


Prérequis

Aucun.
Afin d'adapter au mieux le contenu de la formation aux attentes des stagiaires, il leur est demandé de compléter et de renvoyer le questionnaire qui sera prochainement téléchargeable sur ce site.


Public

Ingénieurs et chercheurs.